Alle opere pubbliche promosse dalla illuminata politica del viceré urbanista si affiancarono numerose iniziative edilizie private e religiose, che interessarono in particolar modo la parte più antica della città, corrispondente al primitivo nucleo greco-romano, che andava congestionandosi per l'aumento della popolazione attratta in città da privilegi fiscali.

Si costruirono monumentali palazzi per le grandi famiglie aristocratiche del viceregno, che trascorrevano lontano dai feudi parte dell'anno: tra questi Palazzo di Capua, poi Marigliano, e Palazzo Gravina, tra i maggiori esempi di edilizia civile rinascimentale.

Documento fondamentale per la lettura delle trasformazioni urbane sotto il viceregno di don Pedro de Toledo è la nota incisione con Veduta di Napoli (1566) di Antonio Lafrery, che si conserva nel Museo di San Martino, da cui si rileva che numerosi edifici religiosi vennero costruiti, in special modo a partire dagli anni Trenta del secolo, quando arrivarono a Napoli i più importanti ordini religiosi per combattere le eresie.

L'insediamento in città di Teatini, Gesuiti, Oratoriani, Scolopi, Camilliani, Barnabiti ed altri, provocò l'edificazione di nuove chiese e conventi e la ristrutturazione di quelli preesistenti, secondo precisi criteri dettati dalle norme sancite dal Concilio di Trento.

Per l'elevato numero di edifici religiosi ed assistenziali Napoli a fine secolo acquistò l'aspetto di città conventuale con vere e proprie "isole monastiche" recintate da ampie mura.

I primi notevoli esempi di architettura sacra del XVI secolo sono la Cappella Caracciolo di Vico in San Giovanni a Carbonara, iniziata fin dal 1499 da Tommaso Malvito da Como, a pianta circolare di ispirazione bramantesca, e la Cappella del Succorpo del Duomo, realizzata dal Malvito e collaboratori entro il 1505 su commissione del cardinale Oliviero Carafa.

Nella parte più alta del Centro Antico si costruirono Santa Maria delle Grazie a Caponapoli (1516-35), vero e proprio museo della scultura cinquecentesca, ma che a partire dal 1977 è stata gravemente saccheggiata, e Sant'Aniello a Caponapoli (1517), edificata su. una più antica chiesa del VI secolo dedicata a sant'Agnello, anch'essa testimonianza notevole della scultura del Cinquecento, gravemente danneggiata dai bombardamenti dell'ultima guerra.

Tra i più estesi insediamenti monastici va ricordato il complesso benedettino dei Santi Severino e Sossio, il cui convento è adibito a sede dell'Archivio di Stato dal 1845; notevole è ancora la chiesa domenicana di Santa Caterina a Formiello, tra Porta Capuana e Castel Capuano, iniziata nel primo decennio del secolo su progetto di Romolo Balsimelli, con evidenti influenze toscane, e completata nel 1593.

Legata al viceré è invece la costruzione della chiesa di San Giacomo degli Spagnoli, eretta a partire dal 1540 su progetto di Ferdinando Manlio, con annesso l'Ospedale per i militari, istituzione che rientrava nel piano di iniziative assistenziali di don Pedro de Toledo, il cui sepolcro si custodisce all'interno della chiesa, dietro l'altare maggiore.

Entro la prima metà del secolo nella chiesa di Monteoliveto vennero realizzati i due monumentali altari ai lati dell'ingresso, a sinistra l'altare Del Pezzo, opera matura dello scultore Girolamo Santacroce (1524), a destra l'altare Ligorio, di Giovanni da Nola (1532).

Ma gli affreschi decorativi della volta del Refettorio di Giorgio Vasari e collaboratori (1544-45) con Virtù e grottesche e le tarsie lignee del frate olivetano Giovanni da Verona (1506) sistemate lungo le pareti, con vedute di paesaggi, strumenti musicali, libri, fanno di questo ambiente uno dei più prestigiosi del Cinquecento.